Podstawowym problemem, na jaki napotyka oświata, jest brak środków finansowych. Subwencja dla gminy jest niewystarczająca na pokrycie podstawowych zadań wynikającychz posiadania szkół. Dlatego też gmina zmuszona jest dotować oświatę z własnych środków. Roczny koszt utrzymania dwu zespołów szkół (gimnazja i podstawówki) w Kalnikowie i Stubnie wynosi3 mln zł przy subwencji w wysokości 2,5 mln zł. Dlatego gmina musi wygospodarować z budżetu co najmniej 500 tys.zł. na pokrycie tej różnicy. W związku z tym władze gminy postanowiły, żeszkoły prowadzone będą przez utworzoną w roku 2005 Fundację „Oświata w Gminie Stubno”, dzięki czemu można by zaoszczędzić sporo pieniędzy. Niestety, kurator oświaty negatywnie zaopiniował taki pomysł, a jego decyzję podtrzymali Minister Edukacji Narodowej i Naczelny Sąd Administracyjny.
Rok 1999 był czasem wdrażania istotnych reform społecznych. Jedną z nich jest reforma oświaty, której celem jest podniesienie poziomu wykształcenia młodego pokolenia oraz wyrównanie poziomu edukacyjnego młodzieży z różnych środowisk. Tworzeniu gimnazjów towarzyszyło wiele dyskusji i emocji. Ścierały się interesy różnych zainteresowanych grup. Ambicją każdej niemal wsiw naszej gminie było posiadanie szkoły podstawowej na swoim terenie. Pewne perturbacje wystąpiły także przy tworzeniu gimnazjów.
Obecnie sieć szkolną w gminie stanowią gimnazja w Kalnikowie i Stubnie z 9 oddziałami oraz szkoły podstawowe w Kalnikowie, Nakle i Stubnie z 17 oddziałami i 3 oddziały przedszkolne. Ogółem w szkołach uczy się przeciętnie 580 dzieci pod opieką 60 nauczycieli.